Theo Quyết định số 779/QĐ-UBND ngày 11/02/2017 về việc ban hành Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Quỹ Bảo vệ môi trường thành phố Đà Nẵng (sau đây gọi tắt là Quỹ) thì Quỹ có cơ cấu tổ chức như sau:
HỘI ĐỒNG QUẢN LÝ QUỸ
- Hội đồng Quản lý Quỹ có 7 thành viên: Chủ tịch Hội đồng quản lý là Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường, Phó Chủ tịch Hội đồng quản lý là Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường, các thành viên của Hội đồng gồm: Giám đốc Quỹ và lãnh đạo các đơn vị: Sở Tài chính, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng UBND thành phố, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam – Chi nhánh thành phố Đà Nẵng.
BAN KIỂM SOÁT
- Ban Kiểm soát Quỹ có tối đa 05 (năm) thành viên. Thành viên Ban Kiểm soát là những người có nghiệp vụ chuyên ngành về các lĩnh vực tài chính, tín dụng, đầu tư và bảo vệ môi trường, hiểu biết pháp luật, không có tiền án, tiền sự về các tội danh liên quan đến hoạt động kinh tế theo quy định của pháp luật.
- Trưởng ban Kiểm soát do Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ bổ nhiệm, miễn nhiệm.
- Các thành viên của Ban Kiểm soát do Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Trưởng ban Kiểm soát Quỹ.
CƠ QUAN ĐIỀU HÀNH NGHIỆP VỤ CỦA QUỸ
- Cơ quan điều hành nghiệp vụ của Quỹ gồm: Giám đốc, các Phó Giám đốc, Kế toán trưởng và các phòng nghiệp vụ.
- Giám đốc Quỹ do Chủ tịch UBND thành phố Đà Nẵng quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ.
- Chủ tịch Hội đồng quản lý Quỹ bổ nhiệm, miễn nhiệm các Phó Giám đốc, Kế toán trưởng trên cơ sở đề nghị của Giám đốc Quỹ.
- Các bộ phận nghiệp vụ do Hội đồng quản lý Quỹ quyết định thành lập, tổ chức, giải thể theo đề nghị của Giám đốc Quỹ, có chức năng tham mưu và thực hiện các nhiệm vụ do Hội đồng quản lý Quỹ và Giám đốc Quỹ giao.